सर सय्यद हे उत्कट सुधारक होते. इस्लामचे अर्वाचीन शास्त्रीय विचारांशी जुळवून घ्यायची त्यांना तहान होती. इस्लामी धर्मातील मूलभूत गोष्टींवर हल्ला करून हे त्यांना करायचे नव्हते, तर कुराणाचेच अधिक निराळ्या रीतीने विवरण करून ते ही गोष्ट साध्य करू पाहात होते. धर्मग्रंथांचे बुध्दिप्रधान प्रवचन त्यांना हवे होते, इस्लाम आणि ख्रिश्चन धर्म यांतील मूलभूत साम्य त्यांनी दाखविले. हिंदुस्थानातील पडद्याच्या चालीवर त्यांनी हल्ला चढविला. तुर्की खिलापतीशी निष्ठावंत राहण्याच्या विचाराच्या ते विरुध्द होते. परंतु त्यांची सर्वांत अधिक धडपड कशासाठी असेल तर ती नवीन नमुन्याच्या शिक्षणासाठी. याच सुमारास राष्ट्रीय चळवळीचा आरंभ होऊ लागला. सय्यद अहमदास भीती वाटली. शैक्षणिक कार्यात ब्रिटिश अधिकार्यांकडून मिळणारी मदत मिळते किंवा नाही असे त्यांना वाटले. सरकारी मदत तर त्यांना आवश्यक वाटत होती. म्हणून मुसलमानांत ब्रिटिशविरोधी भावना वाढू नयेत म्हणून त्यांनी प्रयत्न केले. नवीन रंगरूप घेणार्या राष्ट्रीय सभेपासून दूर राहा असे त्यांनी मुसलमानांस प्रतिपादिले. जे अलीगढ कॉलेज त्यांनी स्थापिले त्याच्या उद्दिष्टात, ''हिंदी मुसलमानांस ब्रिटिश सत्तेस उपयोगी आणि लायकीचे करणे'' हे ध्येय नमूद करण्यात आले होते. राष्ट्रीय सभेत अधिक हिंदू म्हणून त्यांचा विरोध नव्हता, तर राजकीय दृष्ट्या ती अधिक आक्रमणशील आहे, चढाऊ आहे यामुळे ते भीत होते. (अर्थात त्या काळी राष्ट्रीय सभा तर सौम्य स्वरूपाचीच होती) सय्यद अहमदास तर ब्रिटिशांचे साहाय्य आणि सहकार्य हवे होते. १८५७ च्या स्वातंत्र्ययुध्दातही मुसलमान एक जात सारे उठलेले नव्हते; बहुतांश ब्रिटिशांशी राजनिष्ठच होता हे दाखविण्याचीही त्यांनी खटपट केली. सय्यद अहमद हिंदुविरोधी किंवा जात्यंध दृष्टीने पृथक् राहण्याच्या वृत्तीचे नव्हते. पुन:पुन्हा जोराने त्यांनी सांगितले की, राजकीय किंवा राष्ट्रीय कामात धर्मभेदांना महत्त्व देऊ नये. ते म्हणतात, ''तुम्ही सारे एकाच देशात नाही का राहात ? हिंदु-मुसलमान हे सारे शब्द धर्मवाचक आहेत ते लक्षात ठेवा; त्यात अधिक अर्थ नाही. आपण सारेच हिंदू, मुसलमान इतकेच नव्हे, तर येथील ख्रिश्चनही एकाच समान देशाचे नागरिक आहोत. सर्वांचा हा एकच देश.''
मुसलमान समाजातील वरिष्ठ वर्गातील काही भागावर सर सय्यद अहमद खान यांचा परिणाम झाला. लहानसहान शहरातील, खेड्यापाड्यातील आम मुस्लिम जनतेशी त्यांचा संबंध नव्हता, त्यांना त्यांनी स्पर्श केला नाही. वरच्या वर्गापासून आम मुस्लिम जनता एकीकडे दूर पडलेली होती. आणि बहुजन हिंदूंशीच तिचे साम्य होते. मुसलमानांतील वरिष्ठ वर्गातील काही लोक मोगल आमदानीतील सत्ताधारी घराण्यातील होते. बहुजन मुसलमान समाजाला अशी पार्श्वभूमी किंवा परंपरा नव्हती. हिंदू समाजातील खालच्या थरातून धर्मान्तर करून ते मुसलमान झालेले होते. त्यांची फार दुर्दशा होती. ते अती दरिद्री, अती शोषित असे होते.
कितीतरी कर्तबगार आणि समर्थ असे सहकारी सर सय्यदांस लाभले होते. धर्मग्रंथाकडे बुध्दिप्रामाण्य दृष्टीने पाहण्याच्या त्यांच्या विचाराला सय्यद चिराग अली, नबाब मोहसिन-उल-मुल्क यांच्यासारख्यांनी पाठिंबा दिला होता. त्यांच्या शैक्षणिक कार्याकडे मुन्शी करामत अली, दिल्लीचे मुन्शी झाकुल्ला, डॉ. नाझीर अहमद, मौलाना शिब्ली नोत्रानी आणि उर्दू साहित्यातील थोर कवी हाली, इत्यादिकांचे लक्ष वेधले. मुसलमानांत इंग्रजी शिक्षण सुरू झाले पाहिजे एवढ्यापुरते सय्यद अहमदांस यश मिळाले; तसेच राजकीय चळवळीपासून मुसलमानांची मने दूर ठेवण्यातही ते कृतार्थ झाले. मुस्लिम शिक्षण परिषद सुरू करण्यात आली आणि उदयमान होणारा नवीन मुसलमान मध्यमवर्ग, नोकर्याचाकर्यांतील आणि बौध्दिक धंदे करणारे लोक या परिषदेकडे ओढले गेले.